Entre Comillas y San Vicente de la Barquera predominan las áreas de costa baja con acumulación de arena, rías y marismas. El Parque cuenta con dos estuarios: la Ría de San Vicente de la Barquera y la Ría de la Rabia. Estos estuarios son zonas de intercambio de aguas dulces y saladas que albergan diversas comunidades biológicas.

Las marismas son llanuras litorales bajas protegidas por barras arenosas. Se dividen en un sector pantanoso y activo, y un sector interno más estable que tiende a colmatarse. 

Estos ambientes tienen características excepcionales debido a la protección, la salinidad, la luz, el transporte de nutrientes y el ritmo de las mareas, lo que permite el crecimiento de plantas y la regulación de las funciones biológicas.

En las marismas, donde la salinidad es menor y más estable, se encuentran praderas de hierba de mar y vegetación salobre como el espartinal de Spartina maritima.   

También se desarrollan formaciones de vegetación palustre. Aparece con frecuencia la anguila y es habitual la presencia del carricero común, el roscón, el andarríos chico o el zampullín común. En ocasiones se aprecia la presencia de la garza real, la garceta común, o el águila pescadora, incluso, en los inviernos más inclementes, cisnes o barnaclas carinegras.

En los estuarios las condiciones de vida son duras, y los organismos acuáticos han desarrollado diversas estrategias para sobrevivir a la falta de agua durante la bajamar unos optan por enterrarse, como gusanas y cangrejos, mientras otros se encierran en sus conchas, como navajos o almejas